Кстати пришел к выводу, что придется менять свою шоссейную систему на мтб, как раз с валом, который на 1 см длиннее!

Если вы пробегом измеряете, но при этом у вас с коленями проблема и вы спрашиваете на форуме как решить- то это не очень помогает, не правда ли?

Разные системы педалей- это разные шипы, разные положения, разные степени свободы. Попробуйте другие педали. SPD-SPDSL-TIME-LOOK-MKS|CB-... 0º-5º-10º-15º-...
Вы ж даже не написали, что у вас конкретно за педали сейчас и какие шипы. Или я пропустил? Тогда сорри, был невнимателен.
Поставить на шоссе-сетап МТВ-систему с МТВ-кареткой- почему ж нет, но как быть с расчетами? Там можно будет поставить те же звезды на тот BCD? Хорошо, Q-фактор вы измените, а с чейнлайном что? А с перпером что?

читая это все, есть ощущение что у тс просто разные по длине ноги [ ну бывает такое ], и надо просто подкинуть шатун 175 левый если правый 170, и все эти боли должны пройти.

5-7 мм на длине ноги это такой малый угол в градусах, что вряд ли именно он виноват в неприятных ошучениях.

Возможность уменьшить Q-factor на современных МТБ системах:
http://faqload.com/faqs/bicycle-components/drivetrain/